En el siglo sexto los obispos de Roma ejercían ya el poder sobre la mayoría de las iglesias cristianas. Ese fuerte sistema de jefatura llegó a conocerse con el nombre de papado, con el papa como jefe. En el año 538 el poder del papa llegó a ser supremo y gobernó durante 1260 años, tal como había sido predicho por Daniel y Juan en sus libros proféticos. Este período de supremacía papal terminó en 1798 cuando el papa fue tomado prisionero.
Utilizando la fuerza de la autoridad secular, la iglesia obligó a los seguidores de Jesús a escoger entre aceptar las falsas doctrinas y las ceremonias paganas del catolicismo, o sufrir el encarcelamiento, y quizás la muerte, a manos de la espada o de la hoguera. A este largo período de la historia se lo conoce con el nombre de Edad Media, o Edad oscura. Como dijo un historiador, "El mediodía del papado fue la medianoche del mundo".
"Aunque sumida la tierra en tinieblas durante el largo período de la supremacía papal, la luz de la verdad no pudo apagarse por completo. En todas las edades hubo testigos de Dios, hombres que conservaron su fe en Cristo como único mediador entre Dios y los hombres, que reconocían la Biblia como única regla de su vida y santificaban el verdadero día de reposo. Nunca sabrá la posteridad cuánto debe el mundo a esos hom-bres. Se les marcaba como herejes, los móviles que los inspiraban eran impugnados, su carácter difamado y sus escritos prohibidos, adulterados o mutilados. Sin embargo permanecieron firmes, y de siglo en siglo conservaron pura su fe, como herencia sagrada para las generaciones futuras" (El conflicto de los siglos, p. 66).